2018年3月，某县房地产开发企业开发的房地产项目进行土地增值税清算，该房地产开发企业提供的资料如下：
（1）2015年9月以18000万元协议购买用于该房地产项目的一宗土地，并缴纳了契税。
（2）2016年3月开始动工建设，发生开发成本6000万元，小额贷款公司开具的贷款凭证显示利息支出3000万元（按照商业银行同类同期贷款利率计算的利息为2000万元）。
（3）2017年12月该房地产项目竣工验收，扣留建筑安装施工企业的质量保证金600万元，未开具发票，但企业已将其计入开发成本6000万元中。
（4）2018年1月该项目已销售可售建筑面积的90%，共计取得含税收入54000万元，可售建筑面积的10%以成本价出售给本企业职工。
（5）该企业已预缴土地增值税1080万元。
（其他相关资料，当地适用的契税税率为3%。企业选择简易计税方法缴纳增值税。房地产开发费用扣除比例为5%）
要求：根据上述资料，回答下列问题。
（1）简要说明该企业应进行土地增值税清算的理由。
（2）计算该企业清算土地增值税时允许扣除的土地使用权支付的金额。
（3）计算该企业清算土地增值税时允许扣除的城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加合计数（不考虑印花税）。
（4）计算该企业清算土地增值税时允许扣除项目金额的合计数。
（5）计算该企业清算土地增值税时应补缴的土地增值税。